Secara umum logo event ini memvisualkan tentang suatu kegiatan Muktamar yang bertepatan dengan usia Muhammadiyah yang telah menginjak usia I abad. Selain tertulis dengan bahasa verbal 1 abad Muhammadiyah, Muktamar yang ke-46, secara visual juga diwakili dengan angka 1 (satu) abad berwarna merah kecoklatan yang dominan.
Demikian juga lambang Muhammadiyah sebagai Shohibul Hajat, meski telah mengalami penyederhanaan bentuk dengan menghilangkan sinar 12 namun masih mudah dikenali.
Tempat pelaksanaan juga tertulis di Yogyakarta dan waktu kegiatan berlangsung, juga divisualkan sketsa Masjid Gede berwarna biru tua.
Penulisan angka 1 (satu) yang melintas dari bawah kiri menuju ufuk matahari di kanan atas, menciptakan kesan dinamis dan ekspresif dari logo tersebut. Ditambah semburat sinar yang memancar gradual dari lingkaran matahari Muhammadiyah merupakan kombinasi bentuk dan warna yang harmonis.
... selengkapnya tentang penjelasan logo Muktamar Muhammadiyah Ke-46 bisa di download di sana. Namun sayangnya file masih dalam format cdr (format default CorelDraw), alias dalam bentuk source aslinya. Sedangkan logo Muktamar bisa didownload di sana (Source/format cdr) dan di sana (JPEG).